Pinguicula agnata a été décrite la première fois en 1963, à partir de plantes trouvées dans l'état fédéral mexicain de Hidalgo, district de Zimapan, sur la partie la plus basse d'une falaise calcaire orientée au nord et humide, à Barranca de Toliman, près des mines, le long de la route de Zimapan à Mina Loma del Toro et Balcones à l'altitude de 1524 mètres.
Une caractéristique commune à toutes les formes de P. agnata est la tache violette que l'on retrouve de part et d'autre de la base des 5 lobes floraux uniformes.